普濟禪院建立不久，神州大地發生了翻天覆地的巨大變化。
明清鼎革，遺民逃禪成為時代風潮。在這股洶湧澎湃的遺民浪潮衝擊下，嶺南佛門出現了空前的繁榮，據不完全統計，僅皈依在曹洞宗第三十四代傳人天然函罡座下的“今”、“古”兩輩遺民，包括出家者和居士，就有一百多人。（注：陳伯陶著：《勝朝粵東遺民錄》卷四）
遺民逃禪的風潮不僅對嶺南佛門有巨大的影響，對澳門佛教的影響也是至深且巨的。甚至可以說，正是明末清初的遺民僧，掀起了澳門佛教的第一次高潮。
遺民僧中對澳門佛教影響最大的，首推石濂大汕。
大汕（1633 —1705）字石濂，亦作石蓮、石湖，號廠翁，亦號石頭陀。俗姓徐，江蘇吳縣人（一說江西九江人）。
大汕“幼而警敏，善畫仕女。作詩有佳句，有故出家，蹤跡詭秘”。（注：潘耒：《救狂砭語》，第55頁）
大汕出家的原因不詳，有說其曾當過府縣門役，因“以訟亡命”而“剪髮為頭陀裝”。（注：《南海百咏續編》注，見《獨漉堂集》，中山大學出版社）
中年以後，大汕來到廣州，在廣州一住30年。初時以賣觀音畫為生，後得平南王尚之信賞識，住持廣州城西長壽寺。
大汕交遊廣闊，經常出入官紳、士人中間，與屈大均、陳恭尹、梁佩蘭、吳梅村、陳其年、高士奇、王士禎等名流都有交往。
清康熙三十四年（1695）春，大汕應越南阮主時代的顯宗阮福周（明王，1692—1725）之請，前往順化、會安傳法。次年滿載金銀珠寶而歸。此時，大汕與嶺南名士潘耒交惡，與屈大均等亦皆失和，康熙四十一年（1702）被粵東按察使許嗣興以“訟上”、“通洋”等罪名擒治，押解至贛州，至於山寺，皈依者甚眾，又為江西巡撫李基和逮解回籍，死於常山途次。
大汕天資獨具，頗有匠心，能詩會畫，通星象律曆，善園林設計，喜新奇器玩。著述甚豐，但多已不存，主要著作有《離六堂集》和《海外紀事》。
1696年秋大汕回廣州後，出鉅款修建長壽寺、峽山寺，並擴建澳門普濟禪院。
長壽寺位於廣州城西郊，萬曆三十四年（1606）巡撫禦使沈正建所建，至康熙初已廢。經大汕重修的長壽寺，“文木為梁，英石為壁，曲房奧室，備極精工”（注：張渠：《粵東聞見錄》），具池沼、園林、宮室之勝。內有離六堂，池水與江潮相通，池上復有小橋。
清遠峽山寺，又名飛來寺，為平南王尚可喜所重建，後轉贈大汕作為長壽寺下院。
澳門普濟禪院祖師堂，是專門紀念禪院開山祖師大汕和尚的內堂，堂內懸挂著大汕的自畫像，畫中法師長髮披肩，目光坦蕩。兩旁的對聯“長壽智燈傳普濟，峽山明月照蓮峰”，道出了他的傳法業績，也透露出這些寺院之間的密切關係。
清代的曹洞宗僧人多出自湛然圓澄和無明慧經門下，其中，前者習稱雲門係，後者習稱壽昌係。清初曹洞宗中影響較大的禪師，乃多出自壽昌係。石濂大汕就是屬於曹洞宗壽昌係的僧人，關於其禪法傳承，歷來爭論頗多。大汕的早期學法經歷，難以詳考。據稱曾印法于覺浪道盛，他也自稱是道盛的嗣法弟子。
大汕著有《證偽錄》一書，批判由霽侖超永等編的禦序《五燈全書》。大汕反對《五燈全書》把覺浪定為曹洞宗三十三世之說，而將覺浪定為第二十八世，他自己當然也就是第二十九世傳人。這一說法雖然在當時不能被大多數僧侶、文士所接受，但卻被澳門普濟禪院所承認。今天普濟禪院祖堂中的《西天東土歷代祖師菩薩蓮座》，上寫“洞宗第二十九世開建長壽飛來石濂大汕太祖太老和尚”（注：鄭煒明、黃啟臣著：《澳門宗教》，澳門基金會，1994年11月第1版，第17頁）， 將大汕視為開山祖師，尊崇備至。
大汕的禪法思想和人格特徵，包括其俗世化傾向、三教合一觀念、禪凈一致理論與實踐、不忍忘世的情懷、富有商人氣息的風格等等，都明顯地受到了嶺南佛教的影響，並在一定程度上決定了澳門佛教的特點與走向。
大汕晚年雖然受到清當局的逮解和許多士大夫的冷落與批評，被貶為“混跡法門，追逐名利的投機家”，被稱為“妖僧”，以至死於押解途中，但在澳門，由於大汕對普濟禪院的重修，和他對發揚和堅持中國佛教及中國傳統文化的貢獻，而受到普濟禪院及澳門佛教界的一致推崇。
可以說，說到澳門佛教，不能不說普濟禪院；而說到普濟禪院，則不能不論及大汕和尚。
大汕之重修普濟禪院，其意義不僅在於使這一澳門的最古老寺院有了遠勝昔日的規模，更重要的是，在17世紀末中西文化交錯雜陳的澳門，通過對普濟禪院的重修，使這一具有中國傳統風格的寺院成為堅持和保存中國文化的陣地，同時也成為明末清初具有抗清思想的文人士大夫的雅集之所。
在17世紀末的澳門，西方天主教正通過這裡傳向中國內地。此時的澳門，教堂林立，教士聚居，教徒紛雜。中西文化相互交錯、相互矛盾、相互融合，西方教堂與東方禪林並列雜陳，中華文化受到了巨大的挑戰與衝擊。在這個時候，大汕重修普濟禪院，尤如樹起了一座中華文明的豐碑，對於中國文化的保存與發揚有著不可估量的重要意義。
重修之後的普濟禪院，同時也變成了不肯降清的明末遺民文士的聚集地。慵叟在《澳門雜詩》中說：“明末諸遺老多為澳門之行。”而來澳門，又多居於普濟禪院。現在，普濟禪院中仍存有跡刪的草書屏條、天然函罡的行書詩軸、澹歸和尚的《丹霞日記》和行書條屏、羅岸先畫的《米南宮拜石圖》、黎簡的行書對聯和隸書中堂、陳恭尹的詩幅等等。“普濟禪院在三個多世紀中成為了在澳門這個中西文化雜陳的都市中保存和展示中華文化的中心地”（注：姜伯勤著：《大汕大師與禪宗在澳門及南海的流播》，《文化雜誌》第13、14期，澳門文化司署出版，第131頁），這與大汕的貢獻是分不開的。
