馬當局處理臺軍重要軍事投資案方式出現微妙變化，對於十億元以上建案，由“國防部”走行政流程提報“行政院”。但“國防部”日前卻接獲“行政院”指示，要求“國防部”先向“總統府”上大簽並獲正式批示同意後，再提給“行政院”審查。

據臺《聯合報》報道，“國防部”軍事發言人池玉蘭證實，今年“國防部”首度上大簽給馬英九，由他親自批示同意“國防部”明年度十億元以上包括翔展案在內的重大軍事投資建案，大簽同意後，“行政院”才接受“國防部”將建案送交審查。她強調，今年這個作法確實與往年不同，只是為了讓整個程式更為完備。

“行政院”發言人史亞平表示，馬英九是三軍統帥，軍事建案都應先經他許可，再循例編入預算。“行政院”在拉法葉案後，為強化重大軍事採購計劃審議，特別規定自2000年度起，新台幣十億元以上的重大軍購計劃，納入現行審議程式後，呈報“行政院”核定。

軍方內部盛傳，今年上大簽的作法事出有因，原本“國防部”依往例將案子送進“行政院”，卻獲得需要馬英九更明確指示的訊息，為此二周前“國防部”由業管單位擬好大簽，專人送進“總統府”讓馬批示。

知情人士稱，多出來這個程式更是近十年來首例，過去在民進黨當局，“行政院”對於這類案子通常會直接處理，像是經費達五百多億元的阿帕契攻擊直升機“天鷹案”、七百多億元的黑鷹通用直升機“天鳶案”，都是由“國防部”呈“行政院”即可審核，從沒有要求“總統”出面背書的紀錄。